Shinjuku si divide in quartieri distinti che offrono esperienze alberghiere molto diverse. Il lato ovest (Nishi-Shinjuku) è il quartiere dei grattacieli aziendali di Tokyo — sede della concentrazione di grandi torri alberghiere internazionali della città, con i vantaggi di strade ampie, eccellente accesso ai trasporti e la vicinanza dei ponti di osservazione gratuiti al 45° piano del Metropolitan Government Building. Il lato est (Higashi-Shinjuku) è il quartiere dell'intrattenimento: Kabukicho con i suoi neon e hostess bar, la straordinaria rete di minuscoli bar di Golden Gai e il centro LGBTQ+ di Ni-chome. Gli hotel sul lato est sono più piccoli e caratteristici; quelli sul lato ovest tendono ad essere più grandi e orientati al business.
La supremazia dei trasporti di Shinjuku lo rende la base più pratica per esplorare tutta Tokyo. Dalle molteplici uscite della stazione di Shinjuku, è possibile raggiungere Harajuku e Omotesando (2 minuti), Shibuya (5 minuti), Asakusa (30 minuti) e i terminal degli autobus aeroportuali (90 minuti) senza taxi o trasferimenti complessi. Questa connettività è un autentico vantaggio che compensa parzialmente le tariffe alberghiere più elevate di Shinjuku rispetto ai quartieri meno centrali di Tokyo.
Il mercato alberghiero di Shinjuku è vasto e variegato, spaziando dalla grandezza centenaria del Park Hyatt (reso famoso a livello globale da Lost in Translation) a agili capsule hotel e ostelli di design nel quartiere dell'intrattenimento orientale. Nel mezzo si trova uno spettro completo di business hotel, catene internazionali e, sempre più spesso, le proprietà boutique che stanno iniziando a colonizzare gli edifici più interessanti del quartiere. La selezione è, sotto ogni aspetto, la più completa di Tokyo.
Golden Gai merita una menzione speciale per gli ospiti degli hotel nella zona orientale di Shinjuku. Questa rete di sei vicoli stretti contenente circa 200 minuscoli bar — molti con solo sei o otto posti a sedere — è uno degli ambienti sociali più distintivi e insostituibili di Tokyo. Diversi bar hanno personale che parla inglese e un atteggiamento accogliente verso i visitatori; altri sono solo per clienti abituali e lo chiariscono educatamente. Vivere anche una sola serata a Golden Gai è un momento distintivo di Tokyo.