La geografia delle spiagge di Santorini si divide in due zone distinte. Il lato della caldera — il famoso bordo occidentale — non presenta spiagge accessibili; le scogliere vulcaniche precipitano direttamente in acque profonde. Le spiagge accessibili si trovano sulla costa orientale (Kamari, Perissa, Monolithos) e sulla costa meridionale (Red Beach, Vlychada, Perivolos), dove il terreno digrada più dolcemente verso il mare.
Le spiagge più famose sono Kamari e Perissa — entrambe di sabbia nera, entrambe ben attrezzate con lettini, sport acquatici e taverne sulla spiaggia, ed entrambe veramente eccellenti. La sabbia vulcanica nera offre un'esperienza sensoriale unica: a grana fine, molto scura e intensamente calda sotto il sole estivo di mezzogiorno — le scarpe da spiaggia sono vivamente consigliate. L'acqua è tipicamente limpida e leggermente più calma rispetto al mare aperto dell'Egeo; entrambe le spiagge sono sicure per le famiglie.
Red Beach, vicino al sito archeologico di Akrotiri, è probabilmente la spiaggia più suggestiva della Grecia — scogliere vulcaniche rosso sangue si ergono direttamente dietro una mezzaluna di sabbia scura, accessibile solo tramite taxi acqueo o una breve passeggiata sulla scogliera. Non è balneabile in caso di mare mosso (le scogliere perdono rocce) ma l'impatto visivo in una giornata calma è straordinario. Nessun hotel si trova direttamente su Red Beach, ma gli hotel del villaggio di Akrotiri sono nelle vicinanze.
Perivolos e Perissa si fondono in un tratto continuo di 12 km di sabbia nera — la spiaggia continua più lunga dell'Egeo. L'estremità meridionale (Perivolos) offre più club e bar sulla spiaggia; l'estremità settentrionale (Perissa) è più tranquilla. Entrambe offrono una vasta gamma di alloggi, dalle pensioni economiche agli hotel resort di fascia media.
Per la selezione di un hotel sulla spiaggia, la decisione chiave è tra la comodità della località balneare e l'accesso alla vista sulla caldera. Kamari Beach Hotel e le varie proprietà di Perissa offrono un'esperienza balneare completa ma richiedono un autobus o un'auto per ammirare la caldera. Una soluzione pratica per molti viaggiatori è un hotel sulla spiaggia per la prima metà del viaggio e un hotel sulla caldera per la seconda, sperimentando così entrambe le sfaccettature dell'isola.