La categoria degli hotel boutique a Mykonos copre una gamma davvero ampia — da studi di design di 10 camere sopra Mykonos Town a raffinate proprietà a picco sulla scogliera con 40 suite, ristorazione di alto livello e piscine a sfioro. Ciò che li unisce è l'enfasi sul carattere individuale, l'investimento nel design e una cultura del servizio che risponde alle esigenze dei singoli ospiti piuttosto che gestirli su scala da resort.
Tra i più importanti hotel boutique dell'isola figurano: Bill & Coo Suites (eccellenza del design a picco sulla scogliera), Kensho Boutique Hotel (minimalismo contemporaneo), Belvedere Hotel (all'avanguardia nel design con il ristorante Nobu), e una manciata di proprietà più piccole a Mykonos Town che offrono alloggi ricchi di carattere senza il sovrapprezzo del lusso.
Il linguaggio di design degli hotel boutique di Mykonos è distintivo — non il minimalismo bianco puro di Santorini, ma un'estetica più stratificata che incorpora pietra naturale, accenti di legno, motivi di piastrelle geometriche e la distintiva texture di intonaco grezzo dell'isola. Le migliori boutique utilizzano materiali locali e una palette di colori tratta dal paesaggio cicladico: blu intenso, terracotta e lo specifico bianco caldo del calcare di Mykonos.
La qualità del servizio nelle boutique di Mykonos è stata storicamente irregolare — la rapida crescita dell'isola ha creato proprietà che privilegiavano l'impatto visivo rispetto all'eccellenza operativa. La situazione è migliorata significativamente, e le migliori proprietà attuali (Myconian Utopia, Kensho, Bill & Coo) operano con rapporti personale-ospiti e standard di formazione che eguagliano le migliori boutique europee.
Per gli ospiti che apprezzano il design e l'individualità rispetto ai servizi da resort, Mykonos offre opzioni boutique più accattivanti di qualsiasi altra isola greca. Il quadro decisionale è principalmente geografico: le boutique a Mykonos Town offrono l'energia sociale dell'isola insieme alla qualità del design; le boutique in collina sopra Chora offrono panorami e tranquillità; le boutique adiacenti alla spiaggia a Ornos e Agios Ioannis offrono accesso diretto al mare con un carattere da boutique.